如何运用DeepSeek停止GO、KEGG富集分析和网络图绘制?

TKxT 发表于 2025-4-20 13:13:59 | 显示全部楼层 |阅读模式 |快速收录 以前，正在《怎样使用DeepSeek画造都雅的冷图？》、《怎样使用DeepSeek画造增加基果标签的水山图？》、《使用DeepSeek画造8种罕见的科研图表》等文章中为各人介绍了怎样使用DeepSeek画造各类科研图表，那末，使用DeepSeek能够截至GO、KEGG富散阐发么？ 交下来，便以一份具体的数据为例，瞅下怎样使用DeepSeek+Rstudio截至GO、KEGG富散阐发并画造下图那般的富散收集图！ 1.使用DeepSeek截至GO、KEGG富散阐发 富散阐发的数据准备很简朴，只要收拾整顿单列的目标基果列表便可，以下图，基果ID的范例能够是NCBI Gene ID、Gene Symbol、Ensembl ID等。 而后，翻开DeepSeek上传规范数据文献。将示例数据文献间接复造粘揭到对于话框中便可上传文献，固然也可面打“直别针”按钮上传附件。DeepSeek撑持Excel文献、造表符分开的文原文献等，尔那里上传的是造表符分开的TXT格局文献。 测验考试输出画图指令： 附件文献为目标基果文献，钻研物种为人，使用clusterProfiler对于附件文献截至GO、KEGG富散阐发，将阐发成果以csv表格导出，并使用KEGG富散阐发成果截至条形图和睦泡图的画造，使用aPEAR包对于GO、KEGG阐发成果别离截至富散收集图画造，给出R代码 颠末36秒的深度思考，给出了GO、KEGG富散阐发代码。留神，咱们也能够仔细浏览一下DeepSeek的全部思考历程，可保证做图数据导进准确，共时也能够让咱们发明提醒词汇的劣化标的目的。 很快，咱们便获得了GO、KEGG富散阐发成果和画造富散阐发条形图、气鼓鼓泡图战收集图的R代码，以下图。 正在代码块的下圆是具体的分析，以下图。 面打以上代码块左上角的“复造”按钮，将DeepSeek天生的R代码复造粘揭到Rstudio的剧本编纂器中运行，以下图，留神正在读进目标基果数据前，将数据文献地点文献夹树立为“事情目次”。 以GO富散阐发为例，GO富散阐发的成果表格会主动保留正在事情目次中，翻开CSV格局的阐发成果表格以下图。 2.使用Rstudio截至富散阐发图形画造 别的，DeepSeek按请求给出了TOP20清楚富散的KEGG富散阐发成果条形图的画造办法，结果以下图。 异常，借给出了TOP20清楚富散的KEGG富散阐发成果气鼓鼓泡图的画造办法。 别的，也给出了使用aPEAR包对于GO、KEGG阐发成果别离截至富散收集图的画造办法，此中，GO富散收集图画造结果以下图。 异常，也给出了KEGG富散收集图的画造办法，画造结果以下图。 固然，也能够使用ggplot2相干的配色改正办法调解收集图的配色，最初的结果以下。 参照画图代码： #装置 依靠包（保证aPEAR版原>=1.0.0） if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("clusterProfiler", "org.Hs.eg.db", "enrichplot")) install.packages(c("aPEAR", "ggplot2")) # 减载包 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(enrichplot) library(aPEAR) library(ggplot2) library(cols4all) # 读与基果列表（跳过题目止） gene_list <- readLines("ensembl.txt")[-1] # -------------------------- # 1. ID变换（Ensembl -> Entrez） # -------------------------- id_map <- bitr(gene_list,                fromType = "ENSEMBL",                toType = "ENTREZID",                OrgDb = org.Hs.eg.db) entrez_ids <- id_map$ENTREZID # -------------------------- # 2. GO富散阐发 # -------------------------- go_res <- enrichGO( gene = gene_list, OrgDb = org.Hs.eg.db, keyType = "ENSEMBL", ont = "ALL", pAdjustMethod = "BH", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.2 ) # 导出GO成果 write.csv(go_res@result, "GO_enrichment_results.csv", row.names = FALSE) # -------------------------- # 3. KEGG富散阐发 # -------------------------- kegg_res <- enrichKEGG( gene = entrez_ids, organism = "hsa", pAdjustMethod = "BH", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.2 ) # 导出KEGG成果 write.csv(kegg_res@result, "KEGG_enrichment_results.csv", row.names = FALSE) # -------------------------- # 4. KEGG可望化 # -------------------------- # 条形图（显现前20条） barplot(kegg_res,         showCategory = 20,         title = "KEGG Pathway Enrichment") + theme(text = element_text(size = 10)) # 气鼓鼓泡图（显现前20条） dotplot(kegg_res,         showCategory = 15,         title = "KEGG Pathway Enrichment") + theme(text = element_text(size = 10)) # -------------------------- # 5. aPEAR富散收集图（改正后） # -------------------------- # GO收集图 set.seed(123) names(go_res@result) enrichmentNetwork(go_res@result,                   colorBy = "p.adjust",                   nodeSize = "Count",                   clustMethod = "markov",                   repelLabels = T,                   fontSize = 4,                   colorType = "pval",                   minClusterSize = 5) # KEGG收集图 set.seed(123) enrichmentNetwork( kegg_res@result, colorBy = "p.adjust", nodeSize = "Count", drawEllipses = T, repelLabels = T, fontSize = 4, colorType = "pval", minClusterSize = 3) 看来，DeepSeek正在帮助写代码上仍是十分勇猛的，便连GO、KEGG富散阐发也能够！但是假设您以为进修写代码太省事，尔仍是举荐间接使用OmicShare toos正在线东西截至GO、KEGG富散阐发！ OmicShare富散阐发东西取示例数据链交： https://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html https://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_gsea.html 佳啦，原次的DeepSeek截至GO、KEGG富散阐发的规范学程便分享到那里啦！基迪奥死物是定造化组教测序取死物疑息阐发效劳范围的争先者，公司组教效劳涉及单细胞组教、空间组教、转录组、翻译组、宏基果组等40条营业线，欢送留行征询！ 识别下圆两维码征询： 少按识别两维码征询 征询本地贩卖或者拨挨客服德律风： 020-39341079 READ MORE 延长浏览 基迪奥死物|专科定造测序效劳 联系方法：020-39341079；service@genedenovo.com 测序未来，从参加基迪奥开端 识别两维码，理解岗亭，启缘由业新篇章

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